Gegenüber dem ursprünglichen Gesetzentwurf sind darin einige landwirtschaftliche Besonderheiten berücksichtigt. So wurde bei der im Gesetz vorgesehenen Einschränkung von Vermögensübergaben gegen Versorgungsleistungen eine Lösung gefunden, die den Besonderheiten landwirtschaftlicher Betriebsübergaben Rechnung trägt. Dadurch bleiben sinnvolle Vereinbarungen zur Erleichterung der Generationenfolge in der Land- und Forstwirtschaft weiterhin möglich. Ursprünglich sollten im Jahressteuergesetz 2008 nur noch die im Zusammenhang mit dem Betriebsvermögen stehenden Versorgungsleistungen begünstigt sein, was den Deutschen Bauernverband (DBV) auf den Plan gerufen hatte. Nicht durchsetzen konnten sich der DBV und der Deutsche Raiffeisenverband (DRV) mit ihrer Forderung, Änderungen an der geplanten Definitivbesteuerung des Eigenkapitals EK 02 vorzunehmen. Die bisher vorgesehene Regelung der steuerlichen Nachbelastung im Falle einer Ausschüttung wird durch eine definitive pauschale Abschlagzahlung ersetzt, bei der unabhängig von der Ausschüttung das gesamte EK 02 mit 3 % versteuert wird. Betroffen von der Neuregelung sind einerseits ehemals steuerfreie Genossenschaften, aber auch vorwiegend in den neuen Bundesländern agierende Unternehmen aus dem Raiffeisenbereich, darunter Raiffeisenwarengenossenschaften und Agrargenossenschaften, die zur Anschubfinanzierung Investitionszulagen steuerfrei erhalten und diese in das EK 02 eingestellt haben.