Widerstandsfähige Samen von Ampfer & Co., die den Wiederkäuermagen unbeschadet durchlaufen oder mit Futterresten in den Mist gelangen, werden oft mit der Gülle verteilt. Hier kann die Biogasanlage Abhilfe schaffen, denn sie setzt die Keimfähigkeit der Unkrautsamen herab. Dies stellten die Landesanstalt für landwirtschaftliches Maschinen- und Bauwesen und das Institut für Pflanzenbau und Grünland der Universität Hohenheim fest. In einem Versuch wurden Samen bei verschiedenen Temperaturen in eine Biogasanlage gegeben. Nach unterschiedlicher Verweilzeit wurde die Keimfähigkeit getestet. Wie die Schweizer Fachzeitschrift UFA-Revue berichtete, verminderte insbesondere eine hohe Gärtemperatur die Keimfähigkeit: Bei 52 bis 55°C (thermophil) keimten nach 24 Stunden gar keine Samen mehr. Nach ebenfalls 24-stündiger Vergärung bei 35 bis 37°C (mesophil) keimten Weizen, Raps, Ackerfuchsschwanz und Ackersenf nicht mehr. Die Keimfähigkeit von Stumpfblättrigem Ampfer und Weißem Gänsefuß war dagegen kaum vermindert. Ampfer keimte erst nach einer Woche in der Biogasanlage nicht mehr, Weißer Gänsefuß sogar erst nach drei Wochen. Die Samen werden durch den niedrigen pH-Wert, mechanische Einflüsse und die Tätigkeit der Mikroorganismen geschädigt. Zudem beeinträchtigen die hohen Temperaturen das Erbgut und den Enzymstoffwechsel der Samen.