Beim Zweifruchtsystem ist zu bedenken, dass als Hauptkultur die Fruchtart gilt, die vom 1. Juni bis 15. Juli am längsten auf der Fläche steht. Das heißt: Erfolgt die GPS-Ernte Anfang Juni, ist der nachfolgende Mais die Hauptkultur, nicht das Getreide! Erst nach dem 23. Juni wäre Getreide die Hauptkultur. Eine Sonderregelung gibt es für Vor-Ort-Kontrollen. Da zählt die festgestellte Frucht, unabhängig davon, wie lange sie auf der Fläche steht. Zur Anbaudiversifizierung eignet sich das System daher nicht.
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