Nicht nur getreidereiche Fruchtfolgen sind mit Krankheiten belastet. Auch der häufige Anbau von Blattfrüchten kann riskant werden. Dazu einige Beispiele:

• Rhizoctonia solani befällt Kartoffeln, Mais, Rüben und Leguminosen. Mit Fungiziden ist dieser Pilz nicht zu bekämpfen. Ob die Beizung (z. B. die noch nicht zugelassene Wurzelbeize Sedaxane) der richtige Weg ist, sei dahingestellt. Folglich bleibt nur noch die Züchtung bzw. die Wahl der richtigen Sorte. Aber auch hierbei können sich Erregerrassen ausbreiten, welche die Sortenresistenz überwinden.
• Sklerotinia tritt an vielen Kulturpflanzen und Unkräutern auf. Im Raps (Weißstängeligkeit) hat dieser Pilz durch konsequente Züchtung und Bekämpfung an Bedeutung verloren. Er kann aber durch das Einbinden weiterer Wirtskulturen in die Fruchtfolge wieder zunehmen.
• Verticillium ist bei uns inzwischen weit verbreitet. Im Raps begrenzt Verticillium longisporum die Anbauhäufigkeit. Zusammen mit Durchwuchsraps ist er die Hauptursache für stagnierende Rapserträge. Bislang ist davon auszugehen, dass diese Art auf Kreuzblütler beschränkt ist. Kartoffeln, Leguminosen und viele andere Kulturen werden von Verticillium dahliae befallen. Es ist dort eine ernstzunehmende Fruchtfolgeerkrankung. Verticillium ist mit Fungiziden nicht zu bekämpfen und auch mit feldhygienischen Maßnahmen kaum einzudämmen. Die Rapszüchter bemühen sich um das Einkreuzen artfremder Resistenzquellen.
• Kohlhernie ist eine Fruchtfolgekrankheit bei Kreuzblütlern. Besonders problematisch ist, dass der bodenbürtige Pilz auch Zwischenfrüchte und Unkräuter befällt. Sie verbreiten diese und gefährden dadurch den Anbau der Marktfrüchte. Dazu ein Beispiel: Im niederbayerischen Rottal spielte der Rapsanbau bis vor einigen Jahren keine Rolle. Als infolge der Ausbreitung des Wurzelbohrers (Diabrotica) der Maisanbau eingeschränkt wurde, hat man dort mehr Raps gesät. Dieser wurde dann schon im ersten Herbst verbreitet rot und blau. Fast jede Rapswurzel hatte die typischen Kohlhernie-Gallen. Ursache dafür war der Senf, der jahrelang vor Mais als Zwischenfrucht stand, um die Erosion einzudämmen. Durch den verstärkten Anbau von Zwischenfruchtmischungen mit Kreuzblütlern wird die Kohlhernie in den nächsten Jahren grassieren, vor allem auf Schlägen mit wenig freiem Kalk im Boden.
• Schwarzbeinigkeit (Gaeumannomyces graminis) wird durch enge Getreide-Fruchtfolgen gefördert. Die Menge an infektiösem Myzel geht ohne Wirt bereits nach einem Jahr zurück. Quecken und andere Süßgräser halten den Pilz aber am Standort und vermehren ihn. Eine Bekämpfung durch Beizung ist nur begrenzt möglich, da Silthiofam (Latitude) nur bis zum 6-Blattstadium im Herbst wirkt. Zudem nutzen andere Erreger, z. B. Rhizoctonia cerealis (Scharfer Augenfleck), den Freiraum, den das Ausschalten der Schwarzbeinigkeit schafft.
• Rhizoctonia cerealis hat sich in den letzten 20 Jahren zur bedeutenden Fruchtfolgekrankheit im Getreide entwickelt. Frühe Saat und trocken-milde Herbste haben dies begünstigt. Der Pilz kann als Myzel und vor allem mit den vielen Mikrosklerotien mehrere Jahre im Boden überdauern. Steht regelmäßig Getreide nach Getreide, breitet er sich aus. Er befällt auch Getreide nach Blattfrüchten, vor allem, wenn die Aussaat früh im Herbst erfolgt.
• Gerstengelbmosaik-Virus (BaYMV) gehört zu den bodenbürtigen Virosen. Die Übertragung erfolgt durch den Pilz Polymyxa graminis, die Verbreitung durch Erdmaterial, das an Bearbeitungsgeräte anhaftet, oder über weite Strecken mit dem Staub. Einmal im Schlag angekommen, ist eine Anbaupause der Wintergerste von mehr als 10 Jahren notwendig, um den Befallsdruck zu mindern. Zum Glück standen frühzeitig gegen die beiden Pathotypen BaYMV-1 und BaYMV-2 resistente Wintergerstensorten zur Verfügung.