Einen ersten Hinweis, ob es sich bei dem Husten tatsächlich um eine Mykoplasmeninfektion handelt, erhält man durch die klinischen Symptome. Zudem empfiehlt es sich, Lungen von erkrankten Tieren im Rahmen einer Sektion oder eines Schlachthofchecks zu untersuchen. Mithilfe eines Scoring-Systems können dabei der Schweregrad der Erkrankung und der Infektionsdruck ermittelt werden.
Klarheit bringt erst eine mikroskopische Untersuchung. Es ist allerdings schwierig, den Erreger aus Lungenmaterial zu isolieren. Schlachtlungen sind zudem oft mit Brühwasser in Kontakt gekommen. Das verfälscht das Ergebnis. Für die Routinediagnostik sind Schlachtlungen deshalb nicht das Mittel der Wahl.
Für die Bestandsdiagnostik besteht die Möglichkeit, Blut- oder Biestmilchproben auf Antikörper gegen Mycoplasma hyopneumoniae zu untersuchen. Die Antikörpertiter in Blutproben von geimpften Schweinen steigen jedoch erst mit zunehmendem Alter (ab 70. Lebenstag) deutlich an.
Andere Untersuchungsverfahren wie die Polymerase-Kettenreaktion (PCR oder auch Multiplex-PCR) erlauben zwar die Aussage, dass der Erreger im Bestand vorhanden ist, aber nicht in welcher Konzentration. Hierzu benötigt man sogenannte Real-Time-PCRs. Doch auch die spiegeln nicht den wirklichen Erregerdruck im Gewebe wider.
Den sichersten Nachweis liefert eine histochemische Untersuchung, die an Lungengewebe durchgeführt wird. Hier wird der Erreger im veränderten Gewebe angefärbt. Auf diese Weise erhält man einen Hinweis auf das wirkliche Infektionsgeschehen.