Nach einem Rekordhaushalt von 6,32 Mrd. € für das BMEL im Jahr 2019 will Klöckner 2020 noch eins draufsetzen. „Im kommenden Jahr rechnen wir mit einer weiteren Erhöhung auf 6,5 Milliarden Euro“, sagte Klöckner in dieser Woche bei der Vorstellung ihrer Jahresbilanz in Berlin. Derzeit liefen dazu die Gespräche mit dem Bundesfinanzministerium, so Klöckner weiter. Mit mehr Haushaltsmitteln könne sie die vielen Projekte, die sie anschieben will, auch umsetzen, versprach sie. Die breitere thematische Ausrichtung des BMEL würden damit auch „fiskalisch unterlegt“.
Einsetzen will Klöckner das Geld vor allem für Fördermaßnahmen für die Landwirtschaft. Es soll mehr Anreize für Tierwohl, Nachhaltigkeit und Klimaschutz geben. Klöckner nannte in dem Zusammenhang die Maßnahmen, die sie in der Ackerbaustrategie aufgreifen wolle sowie die "Ställe der Zukunft".
In diesem Jahr hat das BMEL den Größten Haushalt, den es je gab zur Verfügung. Im Jahr 2018 hatte dieser noch bei 6,02 Mrd. € gelegen. Vor allem die Forschungs- und Entwicklungsausgaben des BMEL hob Klöckner hervor. Das BMEL habe im Vergleich zu den anderen Bundesministerien den viertgrößten Etat für Forschung- und Entwicklungsausgaben.