Zum Stichtag 3. Mai 2020 hat das Bayerische Landesamt für Statistik nach Auswertung des Verwaltungsverfahrens „Herkunftssicherungs- und Informationssystem Tier (HIT)“ einen Bestand von 2.963.812 Rindern in 42.085 Haltungen (ein Betrieb kann mehrere Haltungen/Stallungen aufweisen) ermittelt. Mit einem Anteil von 76,1 % am Gesamtrinderbestand ist die Doppelnutzungsrasse (Milch- und Fleischproduktion) Fleckvieh die dominierende Rinderrasse in Bayern. Es folgen Braunvieh mit 7,1 % (hierbei handelt es sich ebenfalls um eine Doppelnutzungsrasse) sowie die Milchrasse Holstein-Schwarzbunt mit 5,3 %.
Fleckvieh wird in den Regierungsbezirken Oberbayern, Niederbayern, Oberpfalz, Oberfranken und Mittelfranken überdurchschnittlich oft gehalten, vor allem aber in der Oberpfalz mit einem Anteil von 90,6 % (365.520 Tieren). In Schwaben hingegen liegt der Anteil des Fleckviehs am Gesamtbestand bei nur 42,9 % (276.324 Rinder). Beliebt ist dort auch Braunvieh mit 28,2 % (181.613 Rinder) und Holstein-Schwarzbunt mit 12,3 % (79.047 Rinder). In Unterfranken zählt neben dem Fleckvieh mit 59,9 % (65.790 Tiere) vor allem das Holstein-Schwarzbunt (11,9 % bzw. 13.049 Tiere) zu den am meisten gehaltenen Rassen.
Auf Kreisebene werden mit 130.584 Tieren die meisten Rinder im Landkreis Ostallgäu gehalten, gefolgt vom Landkreis Unterallgäu mit 130.055 Tieren und dem Landkreis Rosenheim mit 129.495 Tieren. Im Ostallgäu dominiert mit einem Anteil von 45,6 % (59.580 Tiere) am Gesamtrinderbestand das Braunvieh, gefolgt vom Fleckvieh mit 19,4 % (25.395 Tiere) und dem Holstein-Schwarzbunt mit 16,4 % (21.383 Tiere). Im Unterallgäu liegen Braunvieh mit 29,6 % (38.480 Rinder), Holstein-Schwarzbunt mit 26,6 % (34.576 Rinder) und Fleckvieh mit 24,0 % (31.206 Rinder) fast gleichauf. Der Landkreis Rosenheim in Oberbayern zählt dagegen zu den Landkreisen, in denen - wie in Bayern insgesamt - hauptsächlich Fleckvieh gehalten wird (89,7 % bzw. 116.192 Tiere). Holstein-Schwarzbunt und Braunvieh spielen hier mit 4,2 % (5.380 Rinder) bzw. 0,5 % (595 Rinder) nur eine untergeordnete Rolle.
